该剧故事继续围绕在丧尸横行的世界中的幸存者们展开，聚焦丧尸末世后成长起来的第一代。

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临…

遭遇海难的人们试图逃离这座神秘的岛屿，而这里则是史前怪物的家园，其中就包括泰坦巨兽，金刚。

讲述末世后成长起来的第一代青少年，和丧尸们的故事。主角为两个少女，聚焦其中谁会是好人，谁会变坏。