《蜀山降魔传2》讲述了叛离峨眉的云居雁夜袭峨眉大开杀戒，并抢夺了上古灵珠。昆仑得知峨眉惨况后，昆仑长老断言云居雁想集齐四颗灵石一统三界。掌门萧何只有找到昆仑师叔祖逍遥子，并先于云居雁得到魔龙窟守护的灵珠才能阻止其脚步。而…

烽烟四起，烟沙弥漫，仙魔两族相对而立，杀意冲天。 两族对战，死伤无数，圣母梵天以己身为祭，封印魔族，终止了一切。仙族虽胜却几近覆灭，昆仑掌门玉清子也为救小弟子而死，惨胜之后，三界恢复平静，两门以休养生息。而那个被救的小弟…